COVID-19 : Pandémie de pneumonie à coronavirus lors de l’hiver 2020

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Liens dans la page Aspects épidémiologiques Contagiosité Mortalité, létalité Modèle SIR et calculs de létalité Références

Mise à jour: 22/05/2020 - 01/03/2020 jm@labsvt.fr www.labsvt.fr

à mon père

Aspects épidémiologiques:

Le 12/03/2020, pour limiter la propagation de la maladie, le gouvernement français décide, entre autres mesures de fermer les établissements scolaires et de limiter les rassemblements à moins de 100 personnes.

Le 16/03/2020, pour limiter la propagation de la maladie, le gouvernement français décide que la population doit rester confinée à son domicile. Les sorties en extérieur et les déplacements sont interdits ou limités aux premières nécessités: alimentation, soins médicaux, travaux urgents.

Le 13/04/2020 pour relancer l'activité économique du pays, le gouvernement français décide qu'un déconfinement progressif de la population aura lieu à partir du 11/05/2020.
Quelles évolutions possibles à partir du 11 mai?
Voir les modélisations: Et maintenant on fait quoi? - Conférence de l'académie des sciences (07/05/2020).

Suivi quotidien de la pandémie par l'université Johns Hopkins:

Contagiosité, Taux de reproduction de base (R0):

Ici ces 2 expressions sont synonymes.

Le Taux de reproduction de base (R0) est le nombre moyen de cas secondaires provoqués dans une population par un seul sujet atteint d'une maladie transmissible .

Il y a un risque d'épidémie si le taux de reproduction de base (R0) est supérieur à 1. En effet dans ce cas un malade transmet la maladie à plusieurs personnes saines qui à leur tour la transmettent à plusieurs autres etc.... Ainsi le nombre de malades augmente de manière géométrique avec le temps.

Selon l'OMS (mars 2020), la contagiosité du virus SARS-Cov2 responsable de la maladie COVID-19 est estimée à 2, ré-évaluée à R0=2,5 fin mars 2020 puis ré-évaluée à R0=4 mi-avril 2020. Ceci signifie que chaque malade va provoquer en moyenne l'infection chez 4 personnes saines. Ce taux de contagion est similaire à celui du SRAS-Cov1 et supérieur à celui de la grippe saisonnière.

Le taux de reproduction de base (R0) de COVID-19 est beaucoup plus faible que celui de la rougeole pour laquelle un malade infecte en moyenne 15 personnes ayant été en contact avec lui. En 2013, un patient américain porteur du virus de la rougeole avait à lui seul contaminé 58 autres personnes, avec une facture de soins totale estimée à 400.000 dollars par les services de santé.
Cette somme aurait pu être utilisée à d'autres soins si les individus avaient été vaccinés.

On constate que R0 est très variable suivant les virus. Ces différences sont dues à de nombreux facteurs comme la persistance du virus dans le milieu, son mode de transmission (air, eau...), la durée de contagiosité des malades qui n'est pas toujours associée à des symptômes. Un individu peut alors être contagieux sans savoir qu'il est malade (cas du VIH), etc...

Il y a risque d'épidémie pour toutes les maladies citées sur le graphique puisque R0>1 pour chacune d'elles. Cependant le risque d'épidémie de rougeole est très élevé car elle est extrèmement contagieuse (R0=15) alors que le risque épidémique pour COVID-19 est plus faible R0=2 (ré-évalué début mars 2020 à R0=2,5).

Dans une population entièrement susceptible de contracter la maladie (nouveau virus, pas d'hygiène, pas de vaccin), on peut montrer que l'épidémie cesse de progresser lorsque le nombre d'individus immunisés parce qu'ils ont contracté la maladie et se sont rétablis atteint une valeur seuil de (100-100/R0)%
(Cours de SVT TS 2019-2020, Le modèle SIR, Diapo 43/45).

Pour COVID-19, R0 = 2,5 d'où Seuil = 100-100/2,5 = 60%. Ainsi l'épidémie (l'augmentation du nombre de malades) cessera lorsque 60% de la population aura été immunisé (malades rétablis) car le virus ne rencontrera plus assez d'hôtes pour pouvoir se propager à son taux de reproduction de base.
Le virus ne va sans doute pas disparaître mais il fera partie de notre environnement pathogène et produira quelques cas de COVID-19 chaque année.

Pour éradiquer cette maladie il faudrait pouvoir vacciner massivement (plus de 60% de la population mondiale) afin qu'à un moment le virus ne trouve plus aucun hôte susceptible d'être infecté. Il n'existe pas encore (24/03/2020) de vaccin contre l'infection par le virus SARS-Cov2, agent infectieux responsable de la maladie COVID-19.

On rappelle que les rhumes hivernaux sans gravité sont souvent très contagieux. Au niveau individuel le lien n'est donc pas direct et simple entre le risque épidémique et le risque vital (risque pour la survie de l'individu). Le risque vital dépend aussi d'une autre caractéristique de la maladie: la létalité

Références consultées:

La Séance publique de l'académie des sciences du 07/05/2020

La lettre d'information de l'Académie des Sciences (28 mars 2020) dont une partie est reproduite ci-dessous:

Pour vous informer de façon fiable sur l’épidémie de Coronavirus COVID-19, l’Académie des sciences vous recommande de consulter les liens suivants :

• www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
La page du site de l'Institut Pasteur pour connaître les informations essentielles sur le Coronavirus (COVID-19). Cette page est actualisée très régulièrement

• www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
La page du site de l'Organisation mondiale de la santé pour suivre la situation épidémiologique des pays

• youtu.be/JKY1i7IpK3Y
La conférence du professeur Philippe Sansonetti, tenue au au Collège de France, dans laquelle il explique l’émergence de COVID-19

• www.youtube.com/watch?v=4RDzTOVH1pA
La séance spéciale sur le Coronavirus organisée à l’Académie des sciences le 10 mars dernier

• www.eficiens.com/coronavirus-statistiques/#evolution-contamination-france
La page du site Eficiens pour suivre en temps réel le nombre de cas de personnes contaminées par le virus en France

Et pour aider les élèves et leurs familles dans le cadre de la continuité pédagogique :

• www.fondation-lamap.org/continuite-pedagogique

Autres références consultées:

https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus
"COVID-19 ou la chronique d'une émergence annoncée" Pr Ph Sansonetti.
https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89pid%C3%A9mie_de_maladie_%C3%A0_coronavirus_de_2019-2020#/media/Fichier:COVID-19-outbreak-timeline.gif
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde/covid-19-ce-que-l-on-sait-sur-le-nouveau-coronavirus-sar
https://math.mit.edu/~bush/wordpress/wp-content/uploads/2014/04/Sneezing-JFM.pdf
http://www.chups.jussieu.fr/polys/viro/poly/Virologie.pdf
https://www.infovac.fr/actualites/bulletin-supplementaire-mars-2020-mise-au-point-sur-le-covid-19-en-pediatrie
https://elpais.com/sociedad/2020/03/17/actualidad/1584436648_230452.html
https://www.lequotidiendumedecin.fr/actus-medicales/politique-de-sante/plus-de-41-000-cas-et-37-deces-une-epidemie-de-rougeole-inedite-sevit-en-europe
http://aeema.vet-alfort.fr/index.php/component/glossary/Glossaire-1/T/TAUX-DE-REPRODUCTION-DE-BASE-%28d%E2%80%99une-maladie%29-Ro-347/
https://coronavirus.jhu.edu/map.html