Mortalité, Létalité:

- La mortalité est le nombre de décès causés par la maladie rapporté à l'ensemble de la population (malades ou pas) au cours d'une période donnée.
Cet indicateur est très synthétique et donc surtout utile après l'épidémie pour comparer, à d'autres causes de mortalité, l'impact de la maladie sur une population (qui s'est défendue).

Mortalité = Décès / (Population totale) en % et pour une période donnée.

- La létalité est le nombre de décès dus à une infection (ou à une autre pathologie) rapporté au nombre de patients infectés au cours d'une période donnée.
Cet indicateur est théorique puisqu'il n'est pas toujours possible de connaître le nombre de patients réellement infectés. En effet certains individus peuvent être infectés mais sans symptômes (asymptomatiqes). Ces individus asymptomatiques (ou non-symptomatiques) ne sont pas détectés.
On se réfère donc à la létalité observée (Lo).

Létalité observée = Décès / (Cas Détectés) en % et pour une période donnée.

Pour COVID-19, on dispose d'un test (Test Polymerase Chain Reaction - PCR) efficace pour détecter les patients infectés mais ce test est coûteux. Ainsi chaque pays tente de mesurer la létalité en fonction de ses moyens et de ses objectifs.
Le résultat de ces mesures est présenté dans le graphique ci-dessous:

Évolution de la létalité observée dans différents pays - Graphique.

On remarque que, pour COVID-19 Lo est comprise entre celle de la grippe (0,16%) et celle de la pneumonie provoquée par le SARS-Cov1 (10%). Il est recommandé d'être vacciné contre la grippe qui entraîne chaque année un grand nombre de morts. La pneumonie à SARS-Cov1 est extrêmement létale et plus contagieuse que COVID-19. La fièvre Ebola présente une létalité effrayante de 50%.

Le graphique montre aussi une grande variabilité de la létalité observée en fonction du temps mais aussi en fonction des pays bien qu'ils disposent de services de santé semblables.. Sur ce graphique, on a effectué des regroupements (A, B, C) sur la base d'informations émanant des gouvernements et des services de santé et concernant les tests de détection. Ces informations ont été diffusées par les médias de communication.
Les regroupements (A, B, C) sont cohérents avec les intervalles des valeurs de L0.

Différentes méthodes de calcul:
Au 15/03/2020, les différences dans les valeurs publiées de LO viennent de ce que les pays utilisent une méthode de calcul différente pour répondre à une question différente.
Ci-dessous une illustration des méthodes de calcul sur un modèle SIR très simplifié.

Schéma

Dans le groupe A (Allemagne -- États-Unis) les tests de détection sont pratiqués systématiquement sur tous les individus même non-symptomatiques (voir schéma ci-dessus). La létalité (Lo) est donc calculée par rapport aux patients dont le test est positif et qui sont donc infectés.

Létalité observée = Décès / (infectés) en % et pour une période donnée.

Dans le groupe A (Allemagne -- États-Unis) la létalité observée (Lo) permet donc de répondre à la question:
"Sachant que je suis infecté quel est mon risque de décès?"
La valeur du dénominateur de la fraction est très élevée et augmente au cours du temps lorsque l'épidémie se propage.
Ceci peut expliquer la valeur de Lo inférieure à 1% et son évolution décroissante en particulier aux États-Unis (voir graphique ci-dessus). Cette valeur qui semble faible est néanmoins 6 fois plus élevée que celle de la grippe.

Dans le groupe B (France -- Espagne) les tests de détection sont pratiqués sur les individus symptomatiques devant être hospitalisés (voir schéma ci-dessus). La létalité (Lo) est donc calculée par rapport aux patients dont le test est positif qui sont donc infectés et qui présentent des symptômes importants.

Létalité observée = Décès / (infectés et symptomatiques) en % et pour une période donnée.

Dans le groupe B (France -- Espagne) la létalité observée (Lo) permet donc de répondre à la question:
"Sachant que je suis infecté et que je présente des symptômes quel est mon risque de décès?"
La valeur du dénominateur de la fraction est moins élevée que dans le cas précédent. Ceci peut expliquer la valeur de Lo intermédiaire de l'ordre de 3,7. (voir graphique ci-dessus).

Dans le groupe C (Royaume-Uni -- Italie) la létalité (Lo) est calculée par rapport aux patients infectés et symptomatiques et dans un état aggravé. Cette méthode a été rendue publique en Italie. C'est peut être le cas aussi au Royaume-Uni.

Létalité observée = Décès / (infectés symptomatiques aggravés) en % et pour une période donnée.

Dans le groupe C (Royaume-Uni -- Italie) la létalité observée (Lo) permet donc de répondre à la question:
"Sachant que je suis infecté et que je présente des symptômes aggravés quel est mon risque de décès?"
La valeur du dénominateur de la fraction est encore moins élevée alors que le nombre de décès est plus important. Ceci peut expliquer la valeur de Lo très élevée en particulier en Italie (Valeur supérieure à 8%, voir graphique ci-dessus).

Pourquoi des méthodes de calcul différentes?

Dans le groupe A (Allemagne -- États-Unis) la mesure de Lo permet de caractériser l'agent pathogène et de le comparer à d'autres pathogènes connus. Cette connaissance peut permettre d'établir une hiérachie des pathogènes à l'échelle mondiale et donc de mieux organiser les stratégies de défense. C'est sans doute la raison pour laquelle l'OMS souhaite qu'un maximum de test soient pratiqués.

La mesure de Lo permet aussi aux services de santé d'évaluer l'efficacité des moyens mis en œuvre pour réduire le nombre de décès.

Ainsi dans le groupe B (France -- Espagne) Lo permet de mesurer l'efficacité de toute la chaine de soins. (Voir schéma ci-dessus)

Dans le groupe C (Royaume-Uni -- Italie), en particulier en Italie qui se concentre sur les cas aggravés, Lo permet de mesurer la capacité de réaction et l'efficacité des services de soins intensifs (Voir schéma ci-dessus).
La valeur élevée (>8%) du résultat en Italie est attribuée (21 mars 2020) à une saturation des services de soins intensifs par l'afflux de cas graves. Cette valeur et son interprétation permettent de comprendre la décision, en France et en Espagne, de confiner la population pour ralentir la propagation de l'épidémie.

Références consultées:

La lettre d'information de l'Académie des Sciences (28 mars 2020) dont une partie est reproduite ci-dessous:

Pour vous informer de façon fiable sur l’épidémie de Coronavirus COVID-19, l’Académie des sciences vous recommande de consulter les liens suivants :

• www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
La page du site de l'Institut Pasteur pour connaître les informations essentielles sur le Coronavirus (COVID-19). Cette page est actualisée très régulièrement

• www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
La page du site de l'Organisation mondiale de la santé pour suivre la situation épidémiologique des pays

• youtu.be/JKY1i7IpK3Y
La conférence du professeur Philippe Sansonetti, tenue au au Collège de France, dans laquelle il explique l’émergence de COVID-19

• www.youtube.com/watch?v=4RDzTOVH1pA
La séance spéciale sur le Coronavirus organisée à l’Académie des sciences le 10 mars dernier

• www.eficiens.com/coronavirus-statistiques/#evolution-contamination-france
La page du site Eficiens pour suivre en temps réel le nombre de cas de personnes contaminées par le virus en France

Et pour aider les élèves et leurs familles dans le cadre de la continuité pédagogique :

• www.fondation-lamap.org/continuite-pedagogique

Autres références consultées:

https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus
"COVID-19 ou la chronique d'une émergence annoncée" Pr Ph Sansonetti.
https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/coronavirus-wuhan
https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89pid%C3%A9mie_de_maladie_%C3%A0_coronavirus_de_2019-2020#/media/Fichier:COVID-19-outbreak-timeline.gif
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde/covid-19-ce-que-l-on-sait-sur-le-nouveau-coronavirus-sar
https://math.mit.edu/~bush/wordpress/wp-content/uploads/2014/04/Sneezing-JFM.pdf
http://www.chups.jussieu.fr/polys/viro/poly/Virologie.pdf
https://www.infovac.fr/actualites/bulletin-supplementaire-mars-2020-mise-au-point-sur-le-covid-19-en-pediatrie
https://elpais.com/sociedad/2020/03/17/actualidad/1584436648_230452.html
https://www.lequotidiendumedecin.fr/actus-medicales/politique-de-sante/plus-de-41-000-cas-et-37-deces-une-epidemie-de-rougeole-inedite-sevit-en-europe
http://aeema.vet-alfort.fr/index.php/component/glossary/Glossaire-1/T/TAUX-DE-REPRODUCTION-DE-BASE-%28d%E2%80%99une-maladie%29-Ro-347/
https://coronavirus.jhu.edu/map.html